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物理学者(ポスドク)による日々の研究生活のメモ書きです ( python/emacs/html/Japascript/シェルスクリプト/TeX/Mac/C言語/Linux/git/tmux/R/ポケモンGO)

偏微分の記号、デルとか読まれる
けど、入力するときはpartial
{A^{\mu}}_{, \alpha} = {\partial A^{\mu}} / {\partial x^{\alpha}}

偏微分









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タイトルがその2になってるのはその1の記事があるから↓

■ 参考 : 【TeX】複数行コメントアウトしたい


まさかの2012年の記事である・・・4年前やぞ・・・・
泣ける・・・




この4年間複数行コメントアウトを使うときは基本的に
\if0
ここコメントアウトされる
\fi
を使ってきた
数行のときは%を手で入力しまくるということもしてきたけど、
実はTeXShopには・・・失礼しました、TeXShop様にはもっといいショートカットキーがあった・・・



texshop

command+{ : 選択範囲をコメントアウト
command+} : 選択範囲のコメントを外す

(emacsでいったらM+;ですな)

あなたが神か
たぶん自分、TeXShopのこと全然使いこなせてないわ・・・









(タイトルですべて終わり)

(2017/10/09 追記)

このトラブルに再遭遇して、この記事を思い出したけど
どうにも分かりにくいので追記する




■ ダメな例
\left< A + B + C + D + ... +\\
+ X + Y + Z \right>
■ OKな例
\left< A + B + C + D + ... + \right.\\
\left. + X + Y + Z \right>
こんな感じで、改行の前後に\left. と \right.を追記する
そうすると、\left(と\right)がうまくリンクしてくれる

2016-10-24 19.55.05

&と\left, \rightの位置にも注意
改行した後で&の前に\leftを入れるとダメ

■ ダメな例
N_{\rm ave} &= \left< N_1 + N_2 + N_3\right>\\
N_{\rm ave} &= \left< A + B + C + D + \cdots + \right.\\
\left. &+ X + Y + Z \right>
■ OKな例
N_{\rm ave} &= \left< N_1 + N_2 + N_3\right>\\
N_{\rm ave} &= \left< A + B + C + D + \cdots + \right.\\
& \left.+ X + Y + Z \right>
改行の前後に\left. と \right.を追記した後の&の位置に注意すること


2016-10-24 19.54.54




(2017/10/09 追記)

ちなみに、うちの分野ではよく5行くらいに渡る位相の表記をすることがあるけど
そのときは、たいがい2重に中括弧[]と大括弧{}を入れ子にして使う

このときは行末と行頭に\left. \right.を2つずつ書かないといけないので注意








ここからスタイルシート(styファイル)を落とせる
■ 参考 : Direc­tory macros/latex/contrib/ulem

使い方などはこちらにまとまっている
■ 参考 : ulem.sty
\usepackage{ulem}
\sout{hoge}
でいけるらしい
ただ表の中で使ってみたら、思っていることにならなかった


他にも式中で使うキャンセルを表す斜線もパッケージになっていた
■ 参考 : cancel.sty

今たまたま読んでる教科書でこれ使われてるわ・・・・







(2022/11/03 追記)

■ 参考 : LaTeXで(robustに)赤打ち消し線を入れる

texの取り消し線関連で、新しい関数(texではコマンドと呼ぶのか?)を定義しておくと便利

よく論文を人と一緒に書いてると、赤でsout(取り消し)して、青で追記をする
それをやってくれるのがこの記事に書いてあるコマンド

\usepackage{ulem}
\usepackage{xcolor}
\DeclareRobustCommand{\erase}{\bgroup\markoverwith{\textcolor{red}{\rule[.5ex]{2pt}{0.4pt}}}\ULon}
\newcommand{\add}[1]{\textcolor{blue}{#1}}

記事が消えちゃうともったいないのでコピペしておきます

使い方は
\erase{ここが取り消される}
\add{追記するところ}
という感じ


soutでよくあるのが、取り消し線中に改行されないけど、これはそれにも対応している









%で真ん中に点
\cdot

% で真ん中に3点、数式中で省略するときに使用
\cdots




二股に分かれた数式は、cases.styを活用する

■ 参考 : 場合分けcases環境において
■ 参考 : Direc­tory macros/latex/contrib/cases

tex
\begin{subnumcases}
{\int_{0}^{1} x(t) y(t) dt =}
\neq 0 & ($x \perp y$) \\
=0 & ($x\not \perp y$)
\end{subnumcases}

















texではいろんなものが予約語として使われているので、ソースコードやパスを表示させるのがめんどくさい
そういうときは、そこに打った文字をそのまま表示させるためのverbを用いる
\verb|ここに打ったものが直接表示される |
verbのあとにスペースを空けずに何か記号を入れる、この場合は |
次のこの文字が来るまでがこのマクロの引数になっていて、それが直接表示される
この文字はなんでもよくて、ページによっては+とか使ってるところもある(打ちやすさでは|より+のが優勢か)

\verb*|ここに→ 空白文字が直接表示される |
verb* では空白文字が表示される

\begin{verbatim}
hoge
foo
bar
\end{verbatim}
こっちは複数行に渡って書ける
この関数内の改行がそのまま改行になる





タイトルですべて終わってるけど、メモ

latex-image-1
A = \overline{B+C}


似たようなコマンドで、\barってのがあるけど、それはもっと短い直線しか引けない


latex-image-2
(\because {\rm Eq}.(5))




latex-image-3
\lim_{T \to \infty} x(t)





以前書いた記事の続き
■ 過去リンク :【TeX】epsを貼付けたい。
set term postscript eps
として、gnuplotでグラフを書けば回転しないことを確認

■ 参考リンク : 90度回転させる(もどす)







この記事では修士論文や投稿論文の執筆に関連した情報(主にTeX)についてまとめます
というか、過去記事の中から抜粋しただけなんだが・・・・



■ 執筆前に読むべし

まずはこの2つの記事を読むのが良いと思われる
奥村さんのブログはこの記事以外にもROOTやいろんなことが書かれているのでオヌヌメ

修士論文や夏の学校の集録や学振申請書を書く皆さんへ (書き方、注意点、心得)

こちらはX線分野の牧島先生の書かれたpdf
一番下に英語文章の執筆注意事項などもあるのでチェック
2002年12月 「M2の皆さんへ--修士論文の書き方 ver.2」


(2017/08/06 追記)
リンク切れてたので修正しました

2002年12月 「M2の皆さんへ--修士論文の書き方 ver.2」




■ TeXで困ったら読むべし
【TeX】目次とかヘッダーとか付けたい

【TeX】修士論文で要旨が目次に追加されなくて困っているM2の学生さんへ

【TeX】目次をsubsubsectionまで書く方法

【TeX】includeを使ってみる

【TeX】PhysicalReviewに論文を投稿すべくREVTeXをインストールした話

>修論や論文執筆中のみなさま、
ガンバりんこ・・・・







TeX Shopだと、sync texという機能が使えるらしい
デフォルトでその機能がONになっていない場合もあるので、できない場合はggってください
自分は特に何の設定もしていなかったが、使えてしまった・・・



どういう便利機能かは次の画像を使って説明します
右がエディター、左がタイプセットしたあとのpdf
右のエディターで、ある文字を範囲選択したあとで、右クリック→ sync
とやると、左のpdfでそれがどの部分に対応するかをスクロールした後で丸印で囲んで表示してくれる・・・
適当に右クリックしてたら、この機能が発動して昨日の夜中に驚きました

ちなみに逆の、
pdfで範囲選択→sync→原稿の該当部分を色表示
というのもできます

for blog
ショートカットキーについても調べてみたけど、そもそもTeXShopの上のメニューバーでsyncというのが見当たらない
つまりショートカットキーがわからん・・・
例えば タイプセットだと command + T みたいなの

ググってみたら、英語ページに
マウスで範囲選択したあとで command + click でおk
と書いてあった
あまり日本語ページは見当たらなかった、ということは認知度が低い?

何にせよ、100ページとかの原稿をTeXで書いているときはこの機能は必須と言っても過言ではないでしょう・・・
TeXShopの開発者さん、さては天才か〜?





■ 作業環境
TeXShop v 3.11
pdfTeX 3.1415926-2.5-1.40.14 (TeX Live 2013/MacPorts 2013_5)



TeXShopで英語の文章を書き書き・・・

よく指導教官から「最低、スペルチェックくらい通してから見せなよ〜」とお叱りを受けることがあるだろう
TeXShopにも英単語のスペルチェック機能は付いている
機能していなければ、上のメニューリスト→編集→入力中にスペルチェック を確認する
スペルチェック
ちなみに文章のエディターではこのようになって見える
赤い点線がある文字が、TeXが「これ間違いじゃね?」と示唆している単語たち
(自分が書いている文章はここには載せれないので、APSのテンプレートの上の方で勘弁)
(クリックで拡大)


スペルチェック
この「間違いじゃね?」の単語たちをリスト化して見れればいいのだが、調べた感じそんな機能はないっぽい
そこで、単語を順々に巡っていくショートカットキーを紹介しておく
command + ;
これでスペルミスなんて防止できるわけだ・・・
今日もTeXShop開発者さまに感謝・・・



■ 作業環境
TeXShop v 3.11
pdfTeX 3.1415926-2.5-1.40.14 (TeX Live 2013/MacPorts 2013_5)













論文を執筆していて、図を追加で貼付けないといけなくなった・・・
グラフじゃないので、keynoteで作成

最初はスクリーンショットを取って、pngで貼付ければいいかと思っていたが、どうにも画像の粗さが気になってくる・・・・・

そこでkeynoteでpdf書き出しして、プレビューで一部分だけさらに切り出して貼付けることに

■ 参考 :【LaTeX】pdfファイルを切り出してTeXに貼り付け

そうするとTeXで次のようんだWARNINGが出たのでメモしておく
[1][2][3][4][5
** WARNING ** Can't begin an annotation when one is pending.
** WARNING ** Interpreting special command bann (pdf:) failed.
** WARNING ** >> at page="5" position="(225.774, 374.543)" (in PDF)
** WARNING ** >> xxx "pdf:bann<** WARNING ** >> Reading special command stopped around >><** WARNING ** Tried to end an annotation without starting one!
** WARNING ** Interpreting special command eann (pdf:) failed.
** WARNING ** >> at page="5" position="(119.933, 278.653)" (in PDF)
** WARNING ** >> xxx "pdf:eann"
][6]

最初はpdfのversionの問題かと思ったけど、違うっぽい
調べてみると、TeXのversionの問題らしい

■ 参考 : latexにpdfの図を張る


まぁWARNINGだしいいか・・・・










\usepackage[usenames]{color}

\textcolor{red}{hogehoge}
みたいな感じでhogehogeが赤色になるらしい。

このままタイプセットすると次のようなエラーが出てきた
** WARNING ** Unparsed material at end of special ignored.
これは
\usepackage[dvipdfm]{hyperref, color}
のようにまとめて書いておかないといけないらしい
メモメモ




どうでもいいけど、これがこのブログの500番目の記事らしい
へぇ〜、おめでとう


















twitterで面白い記事を見かけたのでメモ

javascript で LaTeX : KaTeX がすごい

最新版を公式ホームページから
https://github.com/Khan/KaTeX/releases
ダウンロードしてきて、動かしてみたけどなかなかいい感じ・・・

どこかで使えるかもしれないのでメモ







■ 過去記事
【TeXShop】bibを使って参考文献を簡単に引用したい

bibファイルの中に文献のタイトルを書いていて、それを参考文献の項に表示させる場合、
最初の文字以外は全部小文字になってしまうらしい・・・

例えば、固有の名前などがついていて、それを全部大文字にしておきたい場合は
中括弧 { }で囲えば良いらしい











・documentclassのオプションにlongbibliographyと書いておくと、参考文献のタイトルを出力してくれる(*.bibに書いてあれば)

・参考文献の著者リストが長い場合は
author = {{Hoge}, A., and others
のように"and others"と書くと自動的に斜体のet al.に置き換えてくれる


・データベースファイル(*.bib)中でエントリの内側では%を使ったコメントアウトが効かない
また、エントリーの外側はすべてコメントになる
あるエントリを丸ごとコメントアウトするには,単にエントリの型の前の@文字を取り除けばよい
(これで少しつまずいてしまった)


・参考文献のtitleが勝手に小文字になってしまうとき
title = "{This is my FIRST paper.}"
みたいにしてダブルコーテーションで囲えばOK


■ 参考
BIBTEXing:BIBTEXの使い方








bibtexというのを使って、参考文献のリストを簡単に作りたくなった
というか作らないといけない状況になってしまった
publishに向けた活動で・・・




bibtexを使うための方法は色々とあるらしい
単純にreference.bibというのを用意して、中に論文のリストを用意すればよいのかと思っていたがそんなに簡単ではなかった
実際、bibdeskというアプリケーションを使い始めた頃に簡単な動作のチェックをしてみたがうまく動かなかった・・・

■ 過去記事
【TeX】bibtexを使おうとしたけどうまくいかない


今回のbibtexで必要になるのは

TeXソース (bib_test.texとしておく)
bibソース(reference.bibとしておく)
natbib.sty(bibtexを使うためのスタイルシート)
今こんな感じ↓
blog


bib_test.texの中身は
赤字が大切な部分



(2017/4/21 追記)
\bibliographystyle{plain}にしてると、参考文献の番号[1], [2], とかが引用した順番にならない
(よくわからん順番でソートされる)
なので、きちんと本文で出てきた順番にしたいときは
 \bibliographystyle{unsrt}
を使う

他にも
 \bibliographystyle{alpha}
とかがあるっぽい
これらはbstファイルというのが元から入っていてその設定に従っているだけっぽい
自分でbstファイルを用意する場合は以下を参考に(自分は沼だと思うのでたぶんやらないが・・・)

■ 参考 : bst ファイルのカスタマイズ

または各論文誌から配布されているtexの設定ファイルにもbstファイルが入っていると思うので、
それを参考にするのもアリ
PRDのbstファイルを見てみたが、ちょっと好みではなかったのでやめた



(2017/4/21 さらに追記)

■ 参考 : スタイルファイルのレイアウトサンプル

上記のページを見ていると、
\usepackage{natbib}
と単純にするよりも
\usepackage[square, sort,comma,numbers]{natbib}
の方が良さそう
sqruareは参考文献を[]で囲む
他には()とか{}とか<>があるっぽい()はジャーナルによってはたまに見るな

numbersは参考文献それぞれに通し番号を振っていくスタイル
他にはsuperとかauthoryearとかがある


\documentclass[11pt]{article}

\usepackage{natbib}

\title{bib test}
\author{@coffee\_pote}
\date{\today}
\begin{document}
\maketitle

reference 1 \cite{LuisOtoguro04}

reference 2 \cite{BresnanMchombo87}

\bibliographystyle{plain}
\bibliographystyle{unsrt}
\bibliography{reference}

\end{document}
reference.bibの中身は↓
(中身は自分の参考文献に置き換える)
@ARTICLE{BresnanMchombo87,
author = "Joan Bresnan and Sam A. Mchombo",
title = "Topic, Pronoun, and Agreement in {C}chiche{\^{w}}a:
A Case Study of Factorization in Grammar",
journal = "Language",
year = "1987",
volume = "63",
number = "4",
pages = "741-782"
}

@BOOK{VanValinLaPolla97,
author = "Van Valin, Jr., Robert D. and Randy J. LaPolla",
title = "Syntax: Structure, Meaning and Function",
year = "1997".
publisher = "Cambridge University Press",
address = "Cambridge"
}

@INCOLLECTION{ Andrews07,
author = "Avery D. Andrews",
title = "The Major Functions of the Noun Phrase",
booktitle = "Language Typology and Syntactic Description",
volume = "1",
edition = "Second",
editor = "Timothy Shopen",
year = "2007",
pages = "132-223",
publisher = "Cambridge University Press",
address = "Cambridge"
}

@PHDTHESIS { Otoguro06,
author = "Ryo Otoguro",
title = "Morphosyntax of Case: A Theoretical Investigation
of the Concept",
year = "2006",
school = "University of Essex"
}

@INPROCEEDINGS { LuisOtoguro04,
author = "Ana R. Lu{\'{\i}}s and Ryo Otoguro",
title = "Proclitic Contexts in {E}uropean {P}ortuguese and
their Effect on Clitic Placement",
booktitle = "Proceedings of the {LFG}04 Conference",
editor = "Miriam Butt and Tracy Holloway King",
year = "2004",
pages = "334-353",
publisher = "CSLI Publications",
address = "Stanford, CA"
}

@UNPUBLISHED { Fillmoreetalms,
author = "Charles Fillmore and Paul Kay and Laura Michaelis
and Ivan A. Sag",
title = "{S}ign-{B}ased {C}onstruction {G}rammar",
year = "2007",
note = "University California, Berkely,
University of Colorado, Boulder
and Stanford University"
}
natbib.styは、TeXのスタイルシートというやつです

過去にスタイルシートに関してダウンロード方法や導入方法の記事を書いたのでそちらを参考にどうぞ
ひとまずやるべきことはnatbib.styを用意して、同じディレクトリに置いておけばそれで良いと思います

■ 過去記事
【TeX】mac portで入れたtexにパッケージが入ってなくてオワタな人向けの記事

【TeX】 styファイル not foundというエラーが出たのでmktexlsrさんの出番




この状態でTeXShopでbib_test.texを開くと↓
2015-05-20 17.50.30


ここでこのまま(赤線で囲った)タイプセットを押しても参考文献が表示されないはず

なので、
LaTeXのままタイプセット

一度(黄色線で囲った)LaTeXをBibTeXにしてタイプセット

LaTeXに戻してタイプセット

LaTeXのままもう一度タイプセット
としないといけない

最後の2回目のタイプセットは、参考文献のciteがきちんと反映されていないと思うので実行しています

毎回クリックでやるのはめんどくさいのでショートカットキーだと、
command + t

command + shift + b

command + t

command + t

TeXShopの他の機能を使えば一括でやってくれそうな気がするけど、わからないのでパスで・・・

■ 参考
BIBTEXing:BIBTEXの使い方





これでうまくいけばこんな感じになるはず↓
bib_test.bblっていうのがなければうまくいっていません
blog

わかりにくいと思うので、わかりやすい別の方のページを貼っておきます

■ 参考
BibTeXによる文献データベースの構築

TeXShopでBibファイルを使う方法は意外と簡単だった










\begin{thebibliography}{99}
\setlength{\itemsep}{-0.1cm} % 項目間
\setcounter{enumiv}{15}
\bibitem {hoge} foo, bar (2015)
\end{thebibliography}

こんな感じでOK
\setlength{\itemsep}{-0.1cm} % 項目間
で参考文献の箇条書きの間隔を短くしている
\setcounter{enumiv}{15}
で参考文献の通し番号を16から始めている


■ 参考
参考文献のカウンタの変更






\renewcommand{\refname}{}
でOK

■ 参考
thebibliography で自動でつく「参考文献」を消す[TeX]






ある日突然、LaTeXiTの出力結果に何も表示されず特別エラー表示もなくて困ってしまった・・・
texはMac Portを通してインストールしたものなので、少し前にportで新しいものをインストールしたときに、いろいろと壊れた可能性がある

試しに普通のhoge.texがコンパイルできるのかを試してみたら、そもそもそっちも動かなかった・・・・
エラーメッセージは
/opt/local/hogehoge/platex.fmt doesn't match
みたいな感じだったと思う・・(メモってなかった)

それで調べていくと、以下のツイートを見つけた・・・先人に倣ってみたら、一瞬で解決・・・


うまく動いたので、LaTeXiTの履歴を共有するためのシンボリックリンクを貼って終了。
ln -s ~/Dropbox/setup/history.db ~/Library/Application\ Support/LaTeXiT/history.db









的な記事があったので、URLをメモしておく。


使ってはいけない LaTeX のコマンド・パッケージ・作法

日本人のための LaTeX タブー集 ~画像読込編~



自分の普段使っているコマンドも、すでに古いらしくて
そのうちTeXソースをごっそり編集しないといけないかもしれない・・・・


「dvipdfm と dvipdfmx」の問題は、以前どこかでトラブルにあったので過去に記事にした覚えがある・・・・・








論文をPhysical Reviewに投稿するためには、先方が提供しているスタイルシートを使う必要がある

ダウンロードはこちら↓
https://journals.aps.org/revtex

過去のいろんな記事を見ていると、どうやらこのサイトのURLはコロコロ変わるようです
なので、このリンクがいつまで生きているかわかりません(2014/5/20現在)


ここのDownloadからzipファイルを落としてくる

解凍

その中に入っているREADMEのinstallationの項に色々とインストール方法が書いてある

簡単に書くと、どこかわかりやすいディレクトリに入れて、PATHを通しなさいよという話
自分はportでTeXをインストールしているので /opt/local/share/texmf-local/以下に入れておいた
sudo unzip revtex4-1-tds.zip -d /opt/local/share/texmf-local/
これでそのディレクトリで展開される
そのあとでmktexlsrというコマンドを打つ
おそらくこれで、ディレクトリ構造をスキャンして、ls-Rの中にまとめている(んだと思う・・・・)
sudo mktexlsr /opt/local/share/texmf-local
先ほどのREADMEにはTeXLiveでインストールされた人やmiktex(?)をインストールした人向けの情報しか書かれていなかった・・・





次に別に必要なスタイルシートをインストールしていく

https://journals.aps.org/revtex
のRequired Packagesの項に、必要なものがリストアップされている
natbib.sty
url.sty
textcase.sty
bm.sty
kpsewhich hoge.sty
と打って、何かPATHが表示されれば、そのスタイルシートは読み込める場所に置いてあるので大丈夫
何も表示されなければ、手でCTANというサイトから落としてきてインストールする必要がある

おそらく過去の記事が参考になるだろう


【TeX】 styファイル not foundというエラーが出たのでmktexlsrさんの出番

【TeX】mac portで入れたtexにパッケージが入ってなくてオワタな人向けの記事




これで全部インストールすれば、Physical Reviewのスタイルシートに含まれるマクロが使えるようになり綺麗な論文が作成できるはず

投稿する際のテンプレートのサンプルtexソースは
先ほどunzipで展開したディレクトリの /doc/latex/revtex/sample 以下にあるはず

試しにコンパイルしてみると良い。


え、エラーが出た?

はじめに戻る








やりたいことは画像参照
\begin{enumerate}
\setcounter{enumi}{1}
%\setlength{\parskip}{0cm} % 段落間
\setlength{\itemsep}{0cm}% 項目間
\item hoge
\item foo
\end{enumerate}
■ 参考過去記事

【TeX】数式番号を途中から(2)

【TeX】箇条書きで行間を整える







(2017/04/23 追記)

箇条書きの番号を1, 2, 3,...ではなくて(1), (2), (3),...にしたいときは、
\renewcommand{\labelenumi}{(\arabic{enumi})}
と書いておく









ハイフンの数で画像のような使い分けができる(左がTeXソース, 右がコンパイル結果)

物理屋なら、もちろん使い分けないといけないだろう・・・(汗)




ところで、自作ライブラリの取扱説明書を書かなければならなくなってしまった
ライブラリ自体はすぐに作れたが、取扱説明書が色々と大変だった・・・(やる気を出すのに3日もかかった)

使用者から「取扱説明書をコピペして実行してもエラーが出るんだが?」という苦情をいただいたので、確認したところ
./configure -prefix="hoge/foo"
のように表示されてしまっていた(本当は--prefix)
冒頭で書いたTeXの仕様を知らなかったせいである

TeXソースを
./configure {-}{-}prefix="hoge/foo"
のように書き直して、解決。


■ 参考
[LaTeX] ハイフンを連続して2つ以上出力する方法



(2016/8/19 追記)
式中でハイフンを書きたいときは、
\mathchar`-
でマイナスではなくてハイフンが書ける







いろいろあって、Mac Portsの中身をインストールしなおすことになってしまったので、
Mac Portsをインストールからやり直した

■ 参考
過去に書いた記事 :
【Mac mountain lion】TeXを使ってみる

【TeX】mac portで入れたtexにパッケージが入ってなくてオワタな人向けの記事




TeXShopの設定は元のままなので、追加のpackageをインストールする必要がある
しかし前の記事の通りにやってもうまくいかない?
! LaTeX Error: File `fancybox.sty' not found.
このようなエラーがでてしまう
見つかるような場所に置いていないのが原因のようだ

/opt/local/share/texmf-texlive-dist/tex/latex/
に設定ファイルをフォルダごと移動させて、
sudo mktexlsr ./
sudo mktexlsr
で認識するようになった





プロフィール
HN:coffee
職業:物理屋(自称)
趣味:映画鑑賞、登山
出身:大阪府の南の田舎
自己紹介:
import MyProfile
import coffee_pote from TWITTER
import amazonのほしい物リスト from WISH_LIST

print "先月子供が産まれました!"

# 最終更新 2022/10/25
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