物理学者(ポスドク)による日々の研究生活のメモ書きです ( python/emacs/html/Japascript/シェルスクリプト/TeX/Mac/C言語/Linux/git/tmux/R/ポケモンGO)
Rを使うことになったので新しくカテゴリを作った
ヘビーユーザーにはならないと信じてるので、凝ったことはしない
■ インストール
Mac用のRは https://cran.r-project.org の「Download R for (Mac) OS X」からインストールできる
追加のパッケージをインストールしたいときは起動後に
パッケージとデータ → パッケージマネージャ
からインストールできる
R起動時に毎回パッケージを読み込むようにするのがめんどくさいので設定ファイルを用意する
~/.Rprofile を作成する
読み込みたいパッケージ名が hoge だとすると、Rprofileの中に
library(hoge)
と書いておけばOK
RをGUIで実行したときもCUIで実行したときもその履歴を残したいときは、.Rprofileに次の文章を追記しておく
■ はじめに読む
■ 参考 : Rの初歩
■ コマンドメモ
このあと追記していきます
■ データを読み込みたい
こんなデータを読み込みたい
1 5.2
2 2.3
3 1.1
4 6.9
5 10.2
6 1.1
7 2.4
みたいな感じで、複数行・複数列のデータ
↓ ここには情報はなかった
■ 参考 : Rでデータ読み込みから前処理までのTips
Rのwikiがあったので見てみたが、↑のようなフォーマットのデータの読み込み方法は書いてなかった
■ 参考 : ファイルを読み込む tips 集(暫定版)
ググってるとdata.frameというのを使うのが良さそうだった
data.frameについてよくまとめられていた
■ 参考 : データフレームTips大全
■ スクリプト的にRを使いたいとき
やることを hoge.R というファイルに書いておく
Rを起動して
source("hoge.R")
で書いてあることを順次実行してくれる
■ データ書き出し
■ 参考 : テキストデータのファイル出力に関係する関数の例
writeを使うのが一番簡単そう
writeでは1つの変数しか書き出すことができないので、pasteを使って複数の変数を1つの文字列に収める必要がある
それを何度も書き出せばいいっぽい
Rだとヘビーな計算はさせないやろうし
■ whileループ
png("hoge.png")
のあとでプロット
画像の書き込みを終了するときは
dev.off()
pdfにしたいときは
pdf("hoge.pdf")
このあとでplotを何個も書くと、その分だけページができて複数の画像を同時に保存できる
epsは
postscript("hoge.eps")
tex用のepsは
postscript("hoge.eps", horizontal = F, onefile = F, paper = "special")
gnuplotでいうところの
set terminal something
set output "somthing"
を同時にできる感じなので便利
(2019/03/01 追記)
■ 指数表示にしたいとき
「R 指数表示にしたい」でぐぐったら指数表示にしない方法しか出てこなかった
とりあえず sprintf("%e", a)って感じで対応した
sprintf("%.3e", a)とかC言語と同じフォーマットはそのまま使える
便利
(2019/03/07 追記)
xという配列にデータ点を追加したいとき
(2020/09/08 追記)
■ シェルスクリプト上でR
単純にシェルスクリプトの上でRを呼び出したら以下のようなエラーが出た
以下のようにオプションを付けたらエラーが出なかった
ツイート
ヘビーユーザーにはならないと信じてるので、凝ったことはしない
■ インストール
Mac用のRは https://cran.r-project.org の「Download R for (Mac) OS X」からインストールできる
追加のパッケージをインストールしたいときは起動後に
パッケージとデータ → パッケージマネージャ
からインストールできる
R起動時に毎回パッケージを読み込むようにするのがめんどくさいので設定ファイルを用意する
~/.Rprofile を作成する
読み込みたいパッケージ名が hoge だとすると、Rprofileの中に
library(hoge)
と書いておけばOK
RをGUIで実行したときもCUIで実行したときもその履歴を残したいときは、.Rprofileに次の文章を追記しておく
.Last = function() { if (interactive()) try(savehistory()) }
■ はじめに読む
■ 参考 : Rの初歩
■ コマンドメモ
このあと追記していきます
getwd()
今いる場所を調べる
setwd("/Users/hoge/foo")
ワーキングディレクトリを変える
今いる場所を調べる
setwd("/Users/hoge/foo")
ワーキングディレクトリを変える
■ データを読み込みたい
こんなデータを読み込みたい
1 5.2
2 2.3
3 1.1
4 6.9
5 10.2
6 1.1
7 2.4
みたいな感じで、複数行・複数列のデータ
↓ ここには情報はなかった
■ 参考 : Rでデータ読み込みから前処理までのTips
Rのwikiがあったので見てみたが、↑のようなフォーマットのデータの読み込み方法は書いてなかった
■ 参考 : ファイルを読み込む tips 集(暫定版)
ググってるとdata.frameというのを使うのが良さそうだった
data.frameについてよくまとめられていた
■ 参考 : データフレームTips大全
# テキストデータをその構造を維持したまま読み込み
# 列(変数名)ラベルが自動的につけられる、これがいらない場合は read.table("hoge.txt", header=TRUE)とすればいい？
data1 <- read.table("data/hoge.txt")
# 1列目のみ欲しいとき
data2 <- data1[, 1]
# data2のうち範囲指定してデータを取り出したいとき
# この場合は 4.6 < x < 5.0 を満たすデータのみ取り出せる
data3 <- subset(data2, 4.6<data2, data2<5.0)
# 列(変数名)ラベルが自動的につけられる、これがいらない場合は read.table("hoge.txt", header=TRUE)とすればいい？
data1 <- read.table("data/hoge.txt")
# 1列目のみ欲しいとき
data2 <- data1[, 1]
# data2のうち範囲指定してデータを取り出したいとき
# この場合は 4.6 < x < 5.0 を満たすデータのみ取り出せる
data3 <- subset(data2, 4.6<data2, data2<5.0)
■ スクリプト的にRを使いたいとき
やることを hoge.R というファイルに書いておく
Rを起動して
source("hoge.R")
で書いてあることを順次実行してくれる
■ データ書き出し
■ 参考 : テキストデータのファイル出力に関係する関数の例
writeを使うのが一番簡単そう
writeでは1つの変数しか書き出すことができないので、pasteを使って複数の変数を1つの文字列に収める必要がある
それを何度も書き出せばいいっぽい
Rだとヘビーな計算はさせないやろうし
■ whileループ
i <- 1
while (i < 6) {
print(i)
i = i+1
}
■ forループ,while (i < 6) {
print(i)
i = i+1
}
for (i in 1:5) {
print(i)
}
■ グラフを画像として保存したいprint(i)
}
png("hoge.png")
のあとでプロット
画像の書き込みを終了するときは
dev.off()
pdfにしたいときは
pdf("hoge.pdf")
このあとでplotを何個も書くと、その分だけページができて複数の画像を同時に保存できる
epsは
postscript("hoge.eps")
tex用のepsは
postscript("hoge.eps", horizontal = F, onefile = F, paper = "special")
gnuplotでいうところの
set terminal something
set output "somthing"
を同時にできる感じなので便利
(2019/03/01 追記)
■ 指数表示にしたいとき
「R 指数表示にしたい」でぐぐったら指数表示にしない方法しか出てこなかった
とりあえず sprintf("%e", a)って感じで対応した
sprintf("%.3e", a)とかC言語と同じフォーマットはそのまま使える
便利
(2019/03/07 追記)
xという配列にデータ点を追加したいとき
先頭に1を追加したいときは
new_x < c(1, x)
後ろに1を追加したいときは
new_x < c(x, 1)
new_x < c(1, x)
後ろに1を追加したいときは
new_x < c(x, 1)
(2020/09/08 追記)
■ シェルスクリプト上でR
単純にシェルスクリプトの上でRを呼び出したら以下のようなエラーが出た
Fatal error: you must specify '--save', '--no-save' or '--vanilla'
zsh: exit 2
zsh: exit 2
以下のようにオプションを付けたらエラーが出なかった
#/bin/sh
r --quiet --vanilla <<EOF
source("./r/hoge.r")
EOF
r --quiet --vanilla <<EOF
source("./r/hoge.r")
EOF
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ＨＮ：coffee
職業：物理屋（自称）
趣味：映画鑑賞、登山
出身：大阪府の南の田舎
自己紹介：
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print "先月子供が産まれました！"
# 最終更新 2022/10/25
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