はじめて画像解析をpythonのopen cvを使ってやることになったのでそのメモ


■ パッケージのインストール■ 初学者向けの使えそうなリンクメモ

■ 参考 : 【OpenCV/Python】OpenCVで細胞の画像解析をやってみた

■ 参考 : Python, OpenCVで画像ファイルの読み込み、保存（imread, imwrite）

■ 参考 : Python, OpenCV, NumPyで画像を二値化（しきい値処理）

しきい値のいろいろなオプション↓

■ 参考 : 画像のしきい値処理



■ ピクセルの取得

読み込んだ画像は2次元のピクセルへの通し番号とそのピクセルでの色の値が書かれている
ここでは、gray scaleにしてから解析するので、RGBの色情報を0~255に変換してから使う

読み込んだ画像の幅や高さは以下から

参考までに2822x4144の画像で10~22MBだった

■ 参考 : Python, OpenCV, Pillow(PIL)で画像サイズ（幅、高さ）を取得

画像のピクセルは(0, 0)から(height, width)まであるとすると、
(0, 0)の点は画像の左上
左下が(height, 0)
右下が(height, width)
右上が(0, width)
なことに注意

最後にプロットするときは少し反転などを加えないといけない
matplotlibのオプションで、xlimとylimを入れ替えれば良さそう


(2022/09/21 追記)

pngやtiffファイルをカラーで読み込んだ場合は、返り値は3つ
白黒として読み込んだら、返り値は2つ


■ 円を書きたいなら最後のticknessは-1なら塗りつぶし、0より大きい数字ならその太さの線になる
(190, 35) が円の中心
15が円の半径
単位はピクセル

長方形とかの場合は以下から

■ 参考 : Python, OpenCVで図形描画（線、長方形、円、矢印、文字など）




■ 円形のドーナツ型のフィルターを作って黒く塗りつぶしたい

良い例があった

■ 参考 :リング型のマスク画像を作る方法



■ 輪郭を取得する

■ 参考 :Python: OpenCVで画像から輪郭を検出する


■ 参考 :Python, OpenCVで輪郭検出をしてみる


■ 画像に文字を追加する

■ 参考 :画像処理 「OpenCV 4」で文字を描画してみる


■ opencvの色について

open cv上では色は
(255, 255, 255)が白
(0, 0, 0)が黒
(255, 0, 255)がマゼンタ
(255 , 0, 0)が青

cv2で画像を読み込むと色はBGRになっている(普通はRGB)
matplotlibではRGBなので注意が必要
それを踏まえて、matplotlibで表示するときは以下のような換算が必要
img_orig = cv2.cvtColor(img_orig, cv2.COLOR_BGR2RGB)

■ 参考 :Python, OpenCVでBGRとRGBを変換するcvtColor