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日々の研究生活のメモ書きなど
% .libPaths()
でわかる

自分の場合は
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library
だった


自分で追加したい場合は
% .libPaths("./hoge")
のようにする
これを ~/.Rprofile に書いておくと勝手に起動時に読み込まれる
(パッケージのインストール先の優先順位はどうなる? )





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■ plotの基本
plot(x, y)
■ 参考 : グラフィックスパラメータを設定する、確認する


■ 対数表示、常用対数のみ使える
plot(x, y, log="x")
plot(x, y, log="y")
plot(x, y, log="xy")


■ 範囲指定
plot(x, y, xlim=c(0, 1))
plot(x, y, ylim=c(0, 1))


■ タイトルとかラベル
plot(x, y, main="上につくタイトル")
plot(x, y, xlab="x軸のラベル")
plot(x, y, ylab="y軸のラベル")
ラベルとかを大きくするにはtmag=1.5とかするらしいけど、現在のRではもはやサポートされていないらしい
今使えるのは↓
mainを大きくしたいときは cex.main=1.5
labelを大きくしたいときは cex.lab=1.5
数字を大きくすると大きくなる


■ 重ね書き
plot(x, y)
par(new=T)
plot(a, b)
とか、linesを使う場合はpar(new=T)はいらないっぽい
ググった感じ、そっちを奨励してる人もいた
あとpar(new=T)を使う場合はグラフの範囲指定を意識的にしないといけない
plot(x, y)
lines(a, b)


■ 線の色
col = 1
col="blue"
col = rgb(1, 0, 0)


■ 線の太さ
lwd=2





(2019/03/06 追記)
# rhoをギリシャ文字で入れたい場合は
main = expression(rho)

# 通常の文章にギリシャ文字を混ぜたい場合はexpressionの中でpasteを使う
main = expression(paste(lambda, "=5 のポアソン分布 "))

■ 参考 : ggplot2でギリシャ文字や数式を表示したい

■ 参考 : Rコード:プロットのタイトルにギリシャ文字を利用する。







ここがわかりやすかった
といってもヒストグラムを1から書いたわけではなくて、どういうオプションが使えるのかをちょっと知りたかっただけ
■ 参考 : Rによるヒストグラムの描画



■ グラフの中に最尤推定法で得られたパラメーターを書き込みたい

■ 参考 : Rの数式描画の中で変数を展開したいときはbquoteを使う
hist(dat, freq = FALSE, ylim = c(0, max(max(h$density),max(y))), xlab = "z", ylab = "f(z)",
main = paste("Density Plot\nmu = ", round(a[1], 3), "\ntheta = ", round(a[2], 3), "\ngamma = ", round(a[3], 3) ), cex.main=1 )
cex.mainでmainの文字サイズを指定できる

pasteで文字列と変数を繋げた文字列を作ることができる
これで、グラフの中に最尤推定法で得られたパラメーターを書き込める

pasteでつなげたときに間に空白を入れたくないときは
paste("AAA", "BBB", sep="")
round(x, 2)
は桁数を短くするための関数
これで出力する小数点以下の数を2桁にできる







(2019/08/02 追記)

とりあえずRで困ったらhelp(hist)って打てば大体わかるから

ヒストグラムのbin数を変えたくてあれこれ調べた
ビン数を30にしたかったら、break=30

y軸をログにするには、result = hist()で結果を一度格納してから、そのresultのlogを取るしかないっぽい


↓もっと詳細なヘルプは実際にRで見てください
hist package:graphics R Documentation

Histograms

Description:

The generic function ‘hist’ computes a histogram of the given
data values. If ‘plot = TRUE’, the resulting object of class
‘"histogram"’ is plotted by ‘plot.histogram’, before it is
returned.

Usage:

hist(x, ...)

## Default S3 method:
hist(x, breaks = "Sturges",
freq = NULL, probability = !freq,
include.lowest = TRUE, right = TRUE,
density = NULL, angle = 45, col = NULL, border = NULL,
main = paste("Histogram of" , xname),
xlim = range(breaks), ylim = NULL,
xlab = xname, ylab,
axes = TRUE, plot = TRUE, labels = FALSE,
nclass = NULL, warn.unused = TRUE, ...)






Rを使うことになったので新しくカテゴリを作った
ヘビーユーザーにはならないと信じてるので、凝ったことはしない




■ インストール
Mac用のRは https://cran.r-project.org の「Download R for (Mac) OS X」からインストールできる

追加のパッケージをインストールしたいときは起動後に
パッケージとデータ → パッケージマネージャ
からインストールできる


R起動時に毎回パッケージを読み込むようにするのがめんどくさいので設定ファイルを用意する
~/.Rprofile を作成する
読み込みたいパッケージ名が hoge だとすると、Rprofileの中に
library(hoge)
と書いておけばOK


RをGUIで実行したときもCUIで実行したときもその履歴を残したいときは、.Rprofileに次の文章を追記しておく
.Last = function() { if (interactive()) try(savehistory()) }






■ はじめに読む

■ 参考 : Rの初歩





■ コマンドメモ
このあと追記していきます

getwd()
今いる場所を調べる

setwd("/Users/hoge/foo")
ワーキングディレクトリを変える






■ データを読み込みたい

こんなデータを読み込みたい
1 5.2
2 2.3
3 1.1
4 6.9
5 10.2
6 1.1
7 2.4
みたいな感じで、複数行・複数列のデータ

↓ ここには情報はなかった
■ 参考 : Rでデータ読み込みから前処理までのTips


Rのwikiがあったので見てみたが、↑のようなフォーマットのデータの読み込み方法は書いてなかった
■ 参考 : ファイルを読み込む tips 集(暫定版)


ググってるとdata.frameというのを使うのが良さそうだった
data.frameについてよくまとめられていた
■ 参考 : データフレームTips大全
# テキストデータをその構造を維持したまま読み込み
# 列(変数名)ラベルが自動的につけられる、これがいらない場合は read.table("hoge.txt", header=TRUE)とすればいい?
data1 <- read.table("data/hoge.txt")


# 1列目のみ欲しいとき
data2 <- data1[, 1]


# data2のうち範囲指定してデータを取り出したいとき
# この場合は 4.6 < x < 5.0 を満たすデータのみ取り出せる
data3 <- subset(data2, 4.6<data2, data2<5.0)



■ スクリプト的にRを使いたいとき

やることを hoge.R というファイルに書いておく
Rを起動して
source("hoge.R")
で書いてあることを順次実行してくれる



■ データ書き出し

■ 参考 : テキストデータのファイル出力に関係する関数の例

writeを使うのが一番簡単そう
writeでは1つの変数しか書き出すことができないので、pasteを使って複数の変数を1つの文字列に収める必要がある
それを何度も書き出せばいいっぽい
Rだとヘビーな計算はさせないやろうし



■ whileループ
i <- 1
while (i < 6) {
print(i)
i = i+1
}
■ forループ,
for (i in 1:5) {
 print(i)
}
■ グラフを画像として保存したい
png("hoge.png")
のあとでプロット
画像の書き込みを終了するときは
dev.off()

pdfにしたいときは
pdf("hoge.pdf")
このあとでplotを何個も書くと、その分だけページができて複数の画像を同時に保存できる

epsは
postscript("hoge.eps")
tex用のepsは
postscript("hoge.eps", horizontal = F, onefile = F, paper = "special")


gnuplotでいうところの
set terminal something
set output "somthing"
を同時にできる感じなので便利





(2019/03/01 追記)
■ 指数表示にしたいとき

「R 指数表示にしたい」でぐぐったら指数表示にしない方法しか出てこなかった
とりあえず sprintf("%e", a)って感じで対応した
sprintf("%.3e", a)とかC言語と同じフォーマットはそのまま使える
便利




(2019/03/07 追記)

xという配列にデータ点を追加したいとき
先頭に1を追加したいときは
new_x < c(1, x)

後ろに1を追加したいときは
new_x < c(x, 1)








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# 最終更新 2019/07/20
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